ep1 Stepping Stone 第1話「境界線」
シカゴ警察21分署で特捜班のトップとして新たな事件を追うボイトは、子供３人を死に至らしめた薬物ディーラーの名前を、独自の違法すれすれの捜査方法で突き止める。そんなボイトに対して上司ペリーは疑念を抱いており、監視の目を光らせる。一方、ボイトを敵視する凶悪犯罪課の警部補ベルデンは、共同捜査にもかかわらず特捜班に情報を流さずにいた。そんな中、ボイトらがディーラーのアパートの捜索に向かうと、そこには頭部を切り落とされた遺体が…。
ep2 Wrong Side of the Bars 第2話「奪還」
誘拐された特捜班のアントニオの息子ディエゴを救うために奔走するボイトたち。新たに容疑者エルネストをあぶり出し、潜伏先を突き止めるが、優秀ではあるが経験が少ないルゼックの空回りで取り逃がしてしまう。現場からは、拘束され脅されているディエゴの動画が見つかり、激怒するアントニオ。独自に情報屋ジャスミンと接触するが、思ったように捜査が進まず苛立つアントニオに、ボイトは手掛かりを得るために一線を越える捜査方法を示唆するが…。
ep3 Chin Check 第3話「守るべきもの」
ボイトはギャング団から抜けたがっている少年ディアンソニーに、彼のおばさんが明日の夜、迎えに来ると伝える。だが、ディアンソニーはギャングのボスから殺しをやるよう言われていると訴える。そんな中、ボイトと特捜班はギャング一味の巣窟と思われる家に踏み込む。一方、アントニオは妻ローラから情報屋ジャスミンと一緒に食事をしたいと言われ、驚きながらもジャスミンを食事に誘う。ルゼックは現場で初めて容疑者を撃ち、カウンセラーと面談することに。
ep4 Now Is Always Temporary 第4話「確執」
自宅で売春婦を人質に取り、騒動を起こした挙句に自殺した男ディーン・マスターズ。彼は美術館盗難事件で故買者として特捜班が目をつけていた被疑者で、ボイトらは早速捜査を開始するが、新たな被疑者ノエル・ハリスも何者かに殺されていた。ハリスの店で偽札作りの痕跡を発見したボイトの読み通り、マスターズの家からも偽札の原版が見つかる。一方、リンジーは未成年の売春婦ナディアに厳しい取り調べを行うが、かつての自分の姿が重なり放っておけない。
ep5 Thirty Balloons 第5話「無知の代償」
ハルステッドにボイトが悪徳警官かどうかを聞かれたアントニオは戸惑うが、見習うべきか距離を置くのがいいのか質問されると「両方だ」と答える。一方、ボイトはハルステッドに、彼の出所した息子ジャスティンと姉弟のように育ったリンジーには手を出すなと釘を刺す。特捜班は、コンドームに詰めたコカインを30個も飲み込み、旅先のメキシコから戻ってきた女子大生の事件を追うことに。ボイトらは病院で一命を取り留めたアンバーから黒幕を聞き出す。
ep6 Conventions 第6話「支配と従属」
リバーウォークで耳を削がれた女性の他殺体が発見される。犯行の手口は２日前に起きた強姦事件と一致。この半年間で同様の事件がニューヨークでも発生していることを知ったボイトは、既に捜査情報を送ってもらっていたが、今度は直接の応援を要請。性犯罪特捜班のロリンズとフィンがシカゴへやってきて、協力して容疑者としてジェフリー・ベイカーを割り出す。一方、リンジーはハルステッドを偽の婚約者に仕立てて高校の同窓会に出席しようとするが…。
ep7 The Price We Pay 第7話「進むべき道」
血だらけの手でリンジーのアパートにやってきたジャスティン。ケンカ相手の鼻をつぶしたと説明するが、手に殴った痕がないことからリンジーが追及すると立ち去ってしまう。翌朝、ギャングの死体が見つかり内務調査部のグラディシャーはボイトを呼び出し、被害者の長年のライバルでボイトの知り合いのギャング、アレシオ・コロを逮捕するよう迫る。ボイトは犯人の目星がついていたが…。一方、グラディシャーはボイトをさらに追い詰めるべく、ある行動に出る。
ep8 Different Mistakes 第8話「チャイナタウンの闇」
チャイナタウンの賭博場で子供を巻き込む強盗殺人事件が発生。ボイトらは防犯カメラに映った犯人グループを分析し、元軍人のプロだと判断する。だが、突き止めたグループはチャイナタウンでおとり捜査を専門にしているチームで、リーダーのシーはボイトの元相棒だった。オリンスキーを含む３人は”ある秘密”を共有していた。ボイトはシー達の裏切りを疑うが…。一方、調子に乗るルゼックをいさめようと、オリンスキーは制服警官アトウォーターと任務を交替させる。
ep9 A Material Witness 第9話「重要参考人」
ボイトは内務調査部のスティルウェルに逮捕されるが、それはギャングのモリースを逮捕するための偽装で、すぐに釈放される。さらにスティルウェルはボイトに、個人的に因縁を持つロニー・ロディガーへの接近禁止命令が出ているハルステッドを監視するよう命じる。翌朝、オリンスキーの娘レクシーがギャングの発砲事件を目撃する。オリンスキーはギャングの報復を恐れて絶対に証言させないと息巻くが、ペリー署長は犯人逮捕のために証言させるしかないという。
ep10 At Least It's Justice 第10話「衝動」
ロニー・ロディガーが何者かに殺害され、ハルステッドにも疑いの目が向けられる。事件当夜にもロニーを尾行していた画像があり、停職処分を余儀なくされたハルステッドは、独自で真相を暴こうとする。一方、交差点で追突事故が発生し、現場で作業するシカゴ消防局51分署のセブライドらが被害者男性を救出するが、男はミルズを殴って逃げ出す。不審に思った警官アトウォーターらが車を調べると、トランクには人体の一部が。ボイトらは事件の捜査を開始する。
ep11 Turn the Light Off 第11話「消えた800万ドル」
ハルステッドはロディガー親子の事件が決着した後、高校時代の恋人アリーと一夜を過ごす。リンジーは薬物依存から立ち直ろうとするナディアと遭遇するが、一度彼女に失望させられているため信じられない。800万ドルの現金強奪事件を捜査する特捜班は、生き残った倉庫管理人ルーカス・ペルコと警備担当ゴンザレスのうち、ペルコを追及してクロアチアギャングの犯行であることを突き止める。だが、彼らのアジトは、既にコロンビアギャングに襲撃されており…。
ep12 8:30 PM 第12話「午後8時30分」
チャリティーマラソン当日にシカゴ医療センターで爆弾事件が起き、セブライドら消防隊員たちは救助活動に奔走する。現場の捜査を仕切るのはFBIのグラフだが、ボイトら特捜班は独自のやり方で捜査を進めていく。警官バージェスの姪ゾーイも重傷を負ったと聞いたボイトは、さらなる闘志を燃やす。仕掛けられた爆弾は２つで、２つ目は消防隊のボーデンらが発見し爆発を防げていた。１つ目と２つ目の爆発が時間差でセットされていたことが事件解決の糸口となる。
「シカゴ・ファイア」シーズン2 第20話とのクロスオーバー・エピソード（後半話）
ep13 My Way 第13話「マイ・ウェイ」
コロンビアギャングのムニョスを逮捕するために服役中のプルポを仮出所させ、おとり捜査に使うことに。アントニオは反対するが決定は覆らず、特捜班に連れてこられたプルポはムニョスの情報をボイトに流す。アントニオがおとり捜査をしかけるがムニョスは現れず、別の場所でウクライナギャングを襲撃していた。プルポは、まんまとカルテル内の自分のライバルをボイトらに逮捕させたのだ。怒ったボイトたちはプルポを激しく脅し、ムニョスの決定的な情報を引き出す。
ep14 The Docks 第14話「私刑」
プルポはアントニオに重傷を負わせて逃亡し、ボイトの怒りは頂点に達して執念の追跡を展開する。特捜班エンジニアのジンはスティルウェルにボイトのパソコンの情報を流すが、もっと決定的な証拠集めをするよう迫られ、追い詰められる。だが、ボイトは一時的に特捜班に配属されているサムナーを裏切り者だと思い込み、ついに転属を宣言する。サムナーは納得がいかないが、これ以上捜査に加わることができないので捜査に有力と思える資料をリンジーに託す。
ep15 A Beautiful Friendship 第15話「過去の傷」（最終話）
建設現場で警備員が殺害され、スラリー爆薬が盗まれる。特捜班は各自情報を得るべく捜査を開始。今日から特捜に配属になったアトウォーターも、建設現場が自分の地元にあるため地域のギャングから情報を得ようと意気込む。リンジーは12年ぶりにシカゴに戻ってきったチャーリーから過去の秘密をバラすと脅され、あることを要求される。職場に復帰したアントニオは、しばらく内勤を命じられる。バージェスはベテランだが怠け者の警官とコンビを組まされるが…。
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