ep1 Call It Macaroni 第1話「取引」
シカゴ21分署のボイト刑事が率いる特捜班のメンバーだったジンの遺体が見つかり、内務調査部はボイトを疑う。その頃、特捜班のハルステッドのもとに、ジンが生前に送ったとみられるUSBメモリが届く。中にはジンが内務調査部スティルウェルに脅迫されていた事実などが保存されており、ハルステッドはUSBメモリをボイトに渡すが……。一方、特捜班はアントニオの情報屋から現金輸送車を襲う計画があると聞き、ルゼックが輸送会社のスタッフに扮して輸送車に乗り込む。
ep2 Get My Cigarettes 第2話「旧友」
地元の犯罪組織に属するファーガソンが、ショットガンで射殺される。特捜班が捜査を始めようとした矢先に、ボイトの幼なじみであるニック・マルセロも同じ手口で何者かに殺される。ニックの妻からの情報で、ボイトらはニックの組織と縄張り争いをしていたノレリを取り調べることに。その後、ファーガソンとニックの意外な関係性が判明する。一方、８年も音信不通だった母バニーから突然連絡が来て、リンジーは戸惑いながらも再び会うようになるが……。
ep3 The Weigh Station 第3話「命をかけて」
ハルステッドを狙った銃弾がバーテンダーのマディーの首に当たり、瀕死の重傷を負ってしまう。ハルステッドは絶対に自分で犯人を捕まえると心に誓うが、ボイトの命令で保護拘置下に置かれて身動きが取れなくなる。その頃、アントニオとリンジーは銃創の治療で病院にやって来た男の情報から、発砲した男を突き止める。ボイトは尋問によって男からハルステッドを含む、ある裁判の関係者の名前が載っていると思われる暗殺リストがあることを聞き出す。
ep4 Chicken, Dynamite, Chainsaw 第4話「父と娘」
市会議員ベックスの娘アリソンと友達のヘイデンが前夜から帰らず、特捜班は議員夫妻から捜査を依頼される。やがて、2人が利用した配車サービスの車のドライバーが重傷を負った状態で発見され、車のGPSからある人物が容疑者として浮上する。一方、銃の買い戻しキャンペーンを担当中のローマンとバージェスのもとに、バーディーという女性が庭に捨てられていたという銃を持って現れる。ローマンは、それが前の署で関わった殺人事件の銃であることに驚く。
ep5 An Honest Woman 第5話「けじめ」
ボイトは自分のもとを訪ねてきた、息子ジャスティンの子供を妊娠しているというオリーブのために、金庫から金を出そうとしているところを２人組の強盗に襲撃される。金庫とオリーブとともに拉致されるボイト。リンジーとハルステッドはボイトが出勤してこないので家に行き、異変に気づく。特捜班は拉致事件だと確信し、他の部署には知らせず自分たちだけでボイトを探すことに。一方、バージェスとローマンはバージェスのバッジを盗んだ少女の捜索に奔走する。
ep6 Prison Ball 第6話「潜入」
窃盗事件の目撃者として出廷するはずだった10歳のマイア・ワトキンスが射殺された。特捜班の中でも、特に現場が自宅近くで、妹と同い年の少女が殺されたアトウォーターは憤りを隠せない。窃盗犯である高校バスケの花形選手ジェームズ・グラントが口封じのために殺したと考えられたが、彼のおじであるデボン・タッカーが殺害を指示した線が濃厚に。アトウォーターらはタッカーが収容されている拘置所に潜入し、囚人仲間を装い言質を取ろうとする。
ep7 They'll Have to Go Through Me 第7話「弄ばれた魂」
火事で救出されたルウェレンが大量に児童ポルノ写真を持っていた件で、小児性愛者による犯罪組織がニューヨークにあることが判明し、黒幕はシカゴにいると考えられた。特捜班はニューヨーク市警の性犯罪特捜班をシカゴに呼び、共同で捜査することに。まずは殺されたルウェレンの銀行口座から関係者を洗い、児童相談所と里親の線を追う。一方、リンジーはこの事件の被害者で、ニューヨーク市警の捜査に協力していた異父弟テディをシカゴへ呼ぶ。
「シカゴ・ファイア」シーズン3 第7話とのクロスオーバー・エピソード（前半話）
ep8 Assignment of the Year 第8話「ダイヤの行方」
非番の時にアッシャーのボディーガードを務めるアントニオ。ある夜、ケンカをして妻をセックスクラブに置き去りにし、1人で帰宅するアッシャーを車で送る際、席を外した短時間のうちにアッシャーが頭を撃たれて死んでしまう。ダイヤが入っていた車内の貴重品スペースは空だった。アントニオはダイヤモンドのディーラーの殺害現場に居合わせた非番の刑事として、警察内部で問題視され、免職の危機に。アントニオを救うため、特捜班は一丸となって捜査に当たる。
ep9 Called in Dead 第9話「相棒」
ナディアの友人が麻薬で死にそうになり、リンジーが駆けつける。彼女が吸った麻薬の出どころはストリップクラブで、その情報をもとに特捜班が強盗団を装ってクラブを襲撃。大量の麻薬を押収するが、これが原因でオリンスキーの家に2人組が押し入り、妻メレディスを人質にして証拠品倉庫から麻薬を取ってこいと脅す。特捜班は、ある人物を容疑者だと考えるが……。一方、リンジーは、コット検事補からの連邦捜査官になるようにとの申し出を受けることにする。
ep10 Shouldn't Have Been Alone 第10話「ゆがむ心」
ある家の玄関先でバージェスが撃たれ、瀕死の重傷を負う。家の中に入ったローマンはバスタブで溶けかかった死体を発見し、自身もまた家のあらゆる場所に施されていた危険な仕掛けによって、あやうく命を落とすところだった。死体の身元は大学の元心理学教授ルーサー・マーコフと判明。現場の状況から、薬物中毒者トラビスとのつながりが浮上する。リンジーは連邦捜査官となりタスクフォースに入ることを延期し、特捜班は一丸となって事件の捜査に当たる。
ep11 We Don't Work Together Anymore 第11話「合同捜査」
リンジーが連邦捜査官となった初日。マフィアの恋人の情報により、シカゴからメキシコの麻薬カルテルへ資金が移送されることを知ったラングとリンジーのチームは捜査に当たるが、困難な状況に陥ってしまう。リンジーは古巣の特捜班の協力を要請し、ボイトたちはカルテルの運び屋メンドーサの３人の部下を捜索する。一方、復帰したばかりのバージェスはデスクワークとなり、パトロールに出ていたローマンとブラッドはカルテルにつながる人物の居場所を掴む。
ep12 Disco Bob 第12話「父の務め」
ある家で殺人事件が起き、特捜班が現場へ急行。犠牲者は母ルーシーと娘シェルビーの2人で、射殺されていた。父ウェスと８歳の息子ジョーダンは行方不明だったが、家の奥に小さな血の手形があり、ジョーダンは負傷しながら逃げた可能性もある。現場の初動対応に当たったのはルゼックの父ボブだったが、ボイトとボブの間には因縁があり、ふとしたことで険悪な空気が流れる。やがてウェスの車が路上で見つかり、特捜班はウェスを署へ連行し、取り調べる。
ep13 A Little Devil Complex 第13話「神のあやまち」
ギッシュという男に連続放火犯の容疑がかかるが、犯行を確定する決定打がないことから、特捜班の兄アントニオを頼って消防署に勤務するガブリエラから連絡が入る。早速ギッシュに接触したアントニオは、署に連行し、ボイトと共に尋問するが自白は得られない。長年の刑事の勘でギッシュが放火犯だと確信するボイトだが、放火は立証が難しいことから現行犯逮捕するしかないと考え、特捜班はギッシュに張り付きいら立たせるという作戦を実行する。
「シカゴ・ファイア」シーズン3 第13話とのクロスオーバー・エピソード（後半話）
ep14 Erin's Mom 第14話「エリンの母」
リンジーの母バニーが、再婚相手ジョニーが運営する会社のトラックを借りた男が残していった物だとして、血の付いた手袋を持ってくる。男は偽名の運転免許証を所持していたが、本名はニック・ボッシュと判明。リンジーとハルステッドが張り込みをする中、ボッシュが換金所に押し入る。２人はボッシュを取り押さえるが、換金所の従業員サラと息子が拉致されていた。特捜班は母子の行方を捜す一方で、リンジーはバニーにある疑念を抱く。
ep15 What Do You Do 第15話「倉庫の中で」
特捜班への誘いを断り、しばらくパトロール警官を続けることにしたバージェスだが、変化のない毎日に落ち込んでいた。だが、パトロール途中で立ち寄ったコンビニで、向かいの倉庫に銃を持って歩く２人の男の姿を見つけ、ローマンを呼んで追跡を開始。応援を要請しようと言うローマンに対し、確かめるのが先だと言ってバージェスは倉庫のドアを叩く。中から現れたのは中国系の男で背中を撃たれていた。ローマンが応援を呼ぼうとするが…。
ep16 What Puts You on that Ledge 第16話「裏切り」
処方薬を狙う強盗団に潜入している警官リック・マニングが、数日前から行方不明になり、フィッシャー署長と麻薬課のガスリー警部補がボイトの元へ。強盗団の中にはアントニオがかつて潜入捜査時に知り合ったクーパーがいるため、アントニオは再び潜入捜査を開始。クーパーと再会し、強盗団の仲間たちに紹介される。一方、特捜班はマニングの自宅へ。すると仕事部屋の暖炉から大金が見つかり、捜査とは関係のない隠れ家があったことも判明する。
ep17 Say Her Real Name 第17話「本当の名前」
シカゴで開催される国際貿易会議を前に、特捜班のメンバーは、全国から集まってきた抗議グループのテロの危険に備えて、各グループに潜入する。ブラック・グリッドという比較的過激なグループに潜入したルゼックは、暗号名シエラと名乗る18歳の大学生フェリシアと知り合い仲良くなる。だが、その晩、フェリシアから助けを求めるメールが届いた後、彼女はホテルの20階の窓から転落死する。特捜班はアルゼンチンの高官ソーサに疑いの目を向ける。
ep18 Get Back to Even 第18話「信頼」
大型トラックのそばで２人の少年が殺されており、運転手は消え、荷台には200万ドル相当のヘロインが。少年の１人のダリアスの家を訪ねたハルステッドらは、置いてあった財布からボイトの名刺を発見する。ダリアスは地元のギャング組織のメンバーで、ボイトはギャングのリストには載っていない財布の持ち主チャールズの母ミシェルを訪ねる。２人の間には、ある関係性が。その頃、ナディアはパトカーに乗せてもらえることになり舞い上がるが…。
ep19 The Three Gs 第19話「6人の犠牲者」
倉庫から異臭がするという情報があり、リンジーとオリンスキーが現場に行くと倉庫内からアジア人の若い女性の遺体が多数見つかる。死因は飢えと脱水だった。少女たちはアメリカにいる親が呼びよせるために、デニス・リーという男に大金を支払いコンテナで運ばれてきたことが判明する。犠牲者の１人の父親からその話を聞いたオリンスキーは、６年前の組織犯罪課にいた時に逮捕できなかったリーの仕業だと知り、今度こそ捕まえるべく執念を燃やす。
ep20 The Number of Rats 第20話「手術着の男」
レイプされ、自宅に放火されたビクトリアが犯人の手がかりを残して死亡した。10年前にニューヨークで起きた事件と酷似していることから、ニューヨーク市警性犯罪特捜班のベンソンがシカゴにやってきて、特捜班と協力することに。シカゴ消防局51分署のケイシーに案内されてビクトリアの部屋を確認したリンジーらは、ニューヨークの事件と同一犯だとする証拠を発見する。やがて、ホットラインに有力情報が入り容疑者を強引に連行するが…。
「シカゴ・ファイア」シーズン3 第21話とのクロスオーバー・エピソード（後半話）
ep21 There's My Girl 第21話「追悼」
ナディアを失ったことで悲しみに沈むリンジーを、特捜班のメンバーは心配するがリンジーは心を閉ざしたまま。プラットは分署の建物の壁に慰霊プレートを飾ろうとするが、ナディアが警官ではなかったことから待ったがかかる。一方、特捜班は街のカフェで起きた爆破事件の現場へ。手製の即席爆弾が仕掛けられており、特捜班が捜査を進めるうちに、経営者プラマーが、そのあたりを縄張りとするギャングから用心棒代をゆすり取られていたことがわかる。
ep22 Push The Pain Away 第22話「苦悩」
ナディアの死で精神的に参っているリンジー。内心ではバニーを拠り所にし始めていたが、いつものようにつれない態度を取ってしまう。そんな中、スポーツジムで発砲事件が発生。現場へ急行した特捜班は犯人の１人を拘束するが、残りの３人を取り逃がす。スカッシュをしていた目撃者の話から、被害者５人のうち４人は法律事務所であるエルカーン共同事務所の弁護士だとわかる。さらに、３日前にインディアナ州で起きた殺人事件との関連が明らかに。
ep23 Born Into Bad News 第23話「厄病神」（最終話）
ボイトは元上司ペリーから、ジャクソンパーク警察の麻薬捜査課の新人刑事である甥のカーターのことで相談を受ける。カーターのボスのローランドとその部下たちが、麻薬の売人から麻薬や現金を強奪している悪徳警官で、彼らはボイトの管轄にも入り込んでいるらしい。表向きはローランドに従っているカーターだが、彼らの悪事が公になればカーターもキャリアを失ってしまうことから、ボイトはおとり作戦でローランドを現行犯逮捕することに。
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