ep1 Life Is Fluid 第1話「拉致」
アントニオ刑事の情報屋ビアンカの情報により、ヤクの大物の売人デレクの弟ベンジーの居場所が判明。特捜班は秘密裏にベンジーを拉致し、彼の協力を得てデレクを逮捕する算段だった。だが、罠であることに気づいたデレクは売人に扮したハルステッドを連れ去ってしまう。一方、リンジーはナディアの死から立ち直れず、荒れた生活を続けていた。
ep2 Natural Born Storyteller 第2話「報復」
黒人居住区の一角で、バージェスとローマンは任務中に偶然、古い冷蔵庫の中から少年の遺体を発見する。被害者はジェレミーで、サイクリングに行ったはずだった。父リチャードは泣き崩れる妻を気丈に支えていたが、近隣住民はこの地域に問題はないと繰り返すばかりで何も証言しない。やがて、近くに住む性犯罪者ウッドハルが容疑者として浮上するが…。
ep3 Actual Physical Violence 第3話「籠城」
ボイトの入れ知恵によって、娘リンジーが自分と距離をとっていることに腹を立てるバニー。15年前のベケットの事件でのボイトの偽証罪を、警察本部に通報する。リンジーとボイトが手を打つ前にバニーは弁護士に証言しており、ベケットは刑務所から即時釈放されることに。そんな中、3カ月前から娘が行方不明だという父親が12分署で人質を取り立てこもる。
ep4 Debts of the Past 第4話「過去の償い」
ボイトの車が爆発炎上。ボイトと息子ジャスティン一家は無事だったが、ボイトは自分への復讐のために家族を殺そうとしたベケットに激怒する。特捜班はベケット逮捕に動き出すが、15年前にベケットを逮捕した元警官ローガンが死亡したとの一報が。ボイトらは当時の仲間シュルツに会い、警戒を促す。リンジーらはベケットの弁護士クランプのもとを訪れる。
ep5 Climbing Into Bed 第5話「落度」
情報屋から知り得た情報により、ルゼックは、強盗を計画中で運転手を探しているというハンコックに接近。だが、強盗計画の詳細をつかめていない中、ルゼックはなりゆきでハンコックとともに車で飲んでいたバーを離れる。すると突然、ハンコックは強盗仲間がいるレストランに車ごと突っ込み、金を奪って逃走。ルゼックは発砲してきた強盗の1人を撃ってしまう。
ep6 You Never Know Who's Who 第6話「謎の男」
臨時の相棒プライスとパトロール中のバージェスは、駐車中の黒い車に怪しい男が乗っているとの通報を受け、公園へ向かう。車は防弾加工がされた特別仕様で、男は既に死んでいた。被害者は警備会社社長ビクター・カレンで、死後約一週間は経っていた。特捜班は彼の自宅で現金100万ドルと大量の銃を発見。恋人ジェイニーは、ビクターはCIAだという。
ep7 A Dead Kid, a Notebook, and a Lot of Maybes 第7話「残されたノート」
富裕層向けの学校に通う10代のコリンが行方不明になる。ベッドの下から出てきた日記には「殺したい」という物騒な文字が。さらに自宅から銃を持ち出した可能性もあった。全校生徒と職員が講堂へ避難する中、校庭の裏でコリンの遺体が発見される。自殺とみられ、そばにあったバッグには即席のパイプ爆弾があった。特捜班は日記からコリンの復讐相手を探る。
ep8 Forget My Name 第8話「取引情報」
アントニオは彼の情報屋でNSA（アメリカ国家安全保障局）の職員ドミニクから、麻薬取引の情報を得る。特捜班は情報を元に男が乗った車を追跡し、銃撃戦の末に車の荷台を調べると、そこには手を切断された男の死体があった。被害者のロジャー・ハリントンは国防総省の重要機密を扱う会社の社員と判明。アントニオはドミニクに連絡を取ろうとするが…。
ep9 Never Forget I Love You 第9話「身代わり」
シカゴ川で女性の首が見つかり、ボイトらは一晩かけて川底を捜索し胴体を引き上げた。検視の結果、絞殺死体であることが判明。さらに、死体が浮かび上がらないよう全身にドリルで穴が開けられていた。被害者はシカゴマフィア“アウトフィット”が経営するストリップクラブのダンサー、ビクトリア。ボイトは、この組織の地元のボスと長い付き合いがあった。
ep10 Now I'm God 第10話「証言」
ガンを患っていないのに多量の抗がん剤を投与されていたという事件が続き、特捜班が捜査を始めた矢先にリアという女性が病院に運び込まれる。彼女も抗がん剤を投与されており、携帯の記録から被害者同士は知り合いで、医師の名前はディーン・ライボルドだと判明。彼はボイトの妻カミールのガンを診た最後の医師だったことから、ボイトは敵意をむき出しにする。
「シカゴ・ファイア」シーズン4 第10話：51分署の悲劇とのクロスオーバー・エピソード（前編）
「シカゴ・メッド」シーズン1 第5話：悪意とのクロスオーバー・エピソード（中編）
ep11 Knocked the Family Right Out 第11話「傷ついた家族」
豪邸に3人組の強盗が入り、室内が派手に荒らされ、14歳の娘は睡眠中に性的暴行を受けていた。犯人は被害者宅に強力なガスを流し込み、一家を眠らせて犯行に及んだのだ。同様の事件が過去に別の州でも複数起きていたことを知る特捜班。リンジー、ハルステッドらは聞き込み捜査から割り出した容疑者を捕まえるため、パーティーに潜入して男が現れるのを待つ。
ep12 Looking Out for Stateville 第12話「借り」
ボイトが刑務所で同房だったエディが出所し、恋人とその娘とフロリダに行くために金が必要なことから特捜班の情報屋になる。彼の情報により、特捜班は、裏でコカインを流しているスポーツバーの経営者のコカインの供給先に踏み込むが、エディの報酬は思ったより少なかった。やがてエディはシカゴで最大のコカイン供給源の中心人物の逮捕をボイトに持ちかける。
ep13 Hit Me 第13話「説得」
カジノ帰りの女性から金を巻き上げている汚職警官がいるとの情報により、特捜班はおとり捜査を仕掛ける。情報の通り偽の警察バッジを持ち、盗んだパトカーで悪事を働くジョルダンを現行犯で逮捕するが、仲間がいることが判明。黒幕を突き止めるべく捜査を続けるうちに、意外な名前が浮上する。一方、ルゼックと別れたバージェスはプラットに異動願いを出す。
ep14 The Song of Gregory Williams Yates 第14話「殺人鬼イェーツの歌」
ナディアを殺害した連続殺人犯グレゴリー・イェーツが、ニューヨークの刑務所から脱獄し逃亡。彼が去った後には遺体があり、口にはリンジー宛のメモが挟まれていた。リンジーと特捜班は、イェーツがシカゴに向かうと考え捜索を開始する。そんな中、アパートで住人3人が殺される事件が発生。ニューヨークから性犯罪特捜班のベンソンとフィンが来て特捜班に合流する。
ep15 A Night Owl 第15話「孤独の罠」
飲酒運転の検問所で、バージェスは大学教授アダム・エームズの車のトランクから10キロのヘロインを発見する。教授はカナダの大学に講義に行こうとしていただけで、ヘロインについては何も知らないと主張。お手柄だったバージェスを特別に捜査に加えた特捜班は、トランクの隠し収納庫の製造者を訪ねて依頼主ザカリアンの名前を聞き出し、彼の家に向かうが……。
ep16 The Cases That Need to Be Solved 第16話「幼い犠牲者」
6歳の黒人少年ノアが射殺された。特捜班は父親のブライアンが属していた地元のギャング・グループと、敵対するギャング・グループとの間の抗争が関係していると考える。だが、ブライアンには狙われる心当たりがない。次に敵対するギャングのメンバー、ジェシーが撃たれる事件が発生。特捜班は警察の違反記録などを調べた結果、2つの事件の関連性に気づく。
ep17 Forty-Caliber Bread Crumb 第17話「現金強奪」
非番の時に警備の仕事をしているハルステッドは、警備中の現金輸送車が強盗グループから襲撃を受け、友人の警備員テリーとともに激しい銃撃戦を繰り広げる。犯人捜しに乗り出した特捜班は、現場に残された拳銃にあった指紋からキングリックという犯罪グループのメンバー、オルティスを割り出す。一方、ボイトとリンジーは会社のオーナー、ブリアナを聴取する。
ep18 Kasual with a K 第18話「逃げ場所」
DV被害を受けた女性をかくまう避難所で発砲事件が発生。運営者ジェスが撃たれて病院に搬送され、防犯カメラには女性が誘拐される様子が映っていた。やがて事件の際に避難所から逃げた女性の1人、クラリッサが署へ現れ、誘拐された女性はバレリーだと証言する。特捜班はバレリーを暴行していた元恋人ダンジグを捜し、彼の知人の家へ向かうが捜査は難航する。
ep19 If We Were Normal 第19話「逃げ出した女」
路上で男女の暴行事件が発生し、現場に駆けつけたリンジーとバージェスは、男を刺して逃げた18歳のルビー・ベイカーを確保する。ルビーは名前も知らない男に何日も監禁され、虐待を受けており、移動中に隙を見て車の運転手を刺して逃げ出したという。特捜班は、誘拐犯が乗っていたシルバーのドイツ車などの情報から監禁場所を割り出し、容疑者を特定するが…。
ep20 In a Duffel Bag 第20話「バッグの中身」
浜辺で生後2週間の赤ちゃんがバッグに入った状態で見つかり、衝撃を受けるボイトたち。死んでいると思われていたが赤ちゃんは生きており、血液検査の結果、遺伝性の病気があることが判明する。この病気の患者リストから、父親としてトレイ・バトラーという男の名前が浮上。さらに特捜班は両親を特定し、赤ちゃんの助産師及び里親へと捜査を展開していく。
ep21 Justice 第21話「正義（ジャスティス）」
パトカーを停車して話し込んでいたバージェスとローマン。フードをかぶった少年にいきなり銃撃され、ローマンが負傷する。犯人を追うバージェスは一瞬姿を見失うが、物陰から出てきた少年の手に拳銃があるのを見て発砲する。撃たれた少年は17歳のマイケル・エリスで、生涯車椅子が必要となってしまう。現場からはエリスの銃は見つからず、人違いをされたと訴える。
ep22 She's Got Us 第22話「記憶の奥に」
ダレン・カールソンの家で発砲事件が起き、12歳の少女ポリーだけが無事に救出される。リンジーとチャールズ医師は、ポリーが事件について話せる状態か診断する。ダレン夫妻は成功者だったが、同時にマルチ商法の企業ホライゾンズに関わっており、同社に多額の借金があることが判明。オリンスキーらはホライゾンズのシカゴ代表シモンズのもとを訪れ、話を聞く。
ep23 Start Digging 第23話「墓穴」（最終話）
息子ジャスティンたちと孫の誕生日を祝うボイト。その夜、車のトランクから有刺鉄線で手足を縛られ、喉を切られたシングルマザー、メリッサの他殺体が発見される。彼女の通話記録から、ジャスティンと頻繁に連絡を取っていたことが明らかに。やがて、連絡が途絶えていたジャスティンも瀕死の状態で車のトランクの中から発見される。怒りに燃えるボイトは…。
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