ep1 Reform 第1話「悲劇の銃弾」
銃の売人が地元ギャングのサウスサイド・ホークスの仲間と取引する現場に踏み込んだジェイとアプトン。発砲を受けて銃撃戦となり、ジェイの撃った弾が買い手の1人の下腹部に命中するが、男は逃走する。最終的に売人２名は死亡し、市民３名が巻き添えになってしまう。そのうち重体の少女モーガンはジェイに撃たれたことが判明する。警察への信頼が揺らぐ中、監査官にボイトと因縁のある元同僚のデニー・ウッズが就任。事件の捜査は難航する。
ep2 The Thing About Heroes 第2話「疑惑の警官」
ストリート・フェスティバルの警備任務に派遣されたバージェスは、昨年指導した新人警官トマを見つけるがどこか様子がおかしい。その直後に怪しい車が現れ、乗っていた男２人組は逃走。車内から煙が出ていたため、バージェスはトマと市民を避難させる中、車が爆発する。爆発はテロ攻撃と判断され、犯行声明が出ていないことから攻撃が続くと考えられた。捜査にはFBIも加わり、バージェスたちは爆発後から行方不明になっているトマを捜す。
ep3 Promise 第3話「約束」
ヒスパニック系女性の死体が見つかり、お腹が引き裂かれていることから麻薬の運び屋だと推測された。だが検視の結果、死因は絞殺と判明。犯人は麻薬組織の犯行に見せかけたらしい。遺体発見場所の近くのゴミ箱からは、被害者のものと思われる血痕のついた衣類とIDが見つかる。アプトンらは名前と住所が判明した被害者グロリア・モラレスのアパートを訪れると、クローゼットの中に息子のオスカーが隠れていた。部屋からは血のついた衣類が見つかるが……。
ep4 Snitch 第4話「たれこみ」
アトウォーターは弟ジョーダンの誕生日パーティーの最中、潜入捜査中のルゼックから助っ人を頼まれ、麻薬売買の取引現場へ向かう。ディーラーのエディの仲介で売人カーティスとアンドレと取引するはずだったが、警戒したのかカーティスらは引き揚げてしまう。その後、ルゼックがエディの自宅を訪ねると彼は９ミリ弾で2発撃たれて倒れていた。救急車を待つ間、エディに本当は警官だと告げるルゼック。一方、特捜班は聞き込みを開始するが住民の口は堅かった。
ep5 Home 第5話「小屋の中の命」
麻薬密造所の手入れをした際、裏の家の小屋から３人の少年が発見される。2人はすでに死亡しており、1人はベトナム人のクアンで、３人は何者かが不法占拠した小屋に監禁されていた事実が判明する。少年たちの死因は密造者が庭に廃棄してきた溶剤が裏の小屋に流れ込み、喉が乾いていた２人が飲んでしまったことによる中毒死だった。ベトナム語しか話さないクアンはスミスという夫婦の養子にもらわれたことが分かり、ルゼックらは夫妻を訪ねる。
ep6 Fallen 第6話「ある警官の死」
プライス市議の地区にあるスポーツ交流センターのパーティーが催される中、近くで発砲事件が起きて家主のグラントと妻は死亡し、息子のライアンは一命を取り留める。室内からは２キロの麻薬が見つかり、グラントは売人だと判明。容疑者として麻薬の卸元であるクイントン・ケインが浮上する。麻薬課マグレディと組むようボイトに命じられたアプトンは、過去の嫌な経験から難色を示すが、やむなくパートナーとなりケインを署へ連行して取り調べる。
ep7 Care Under Fire 第7話「誘拐犯」
バイトでシッターをしていた女子学生が殺され、一緒にいた少年が連れ去られる。麻薬課の情報などから、犯人は身代金目的の誘拐犯グループであり、その訓練された動きから元兵士であると考えられた。さらに少年の父親の留守宅には、犯人グループが送ってきたものと思われる切断された指らしきものが入った箱があった。その手口に心当たりのあるアントニオは、以前甥っ子が誘拐された情報屋を呼び出す。特捜班は集めた情報をもとに、ある人物へたどりつく。
ep8 Politics 第8話「選択」
ホテルの一室で若い女性の射殺事件が発生し、部屋にはボイトの旧知の仲であるグレイナー下院議員がいた。グレイナーはホテルのバーで東欧なまりの若い女性に話しかけられた後の記憶がないと言う。地域のビル建設プロジェクトに反対したことで、建設業者などから恨みを買っていたグレイナーは誰かにはめられたと主張。ボイトは地元のビル建設を熱望しているプライス市議を訪れる。一方、薬物検査ではグレイナーから麻酔薬と鎮痛剤の成分が検出される。
ep9 Monster 第9話「薬物依存」
シカゴ郊外で鎮痛剤の過剰摂取により多数の犠牲者が出ていた。アプトンが売買の仲介人とみられる主婦ジュリアンに近づき鎮痛剤を売って欲しいと持ちかける。だがジュリアンはアプトンが渡した金で自分の薬を買い、過剰摂取で倒れているところを帰宅した子供たちに発見される。その頃、捜査中のボイトのところへウッズがやってきて、ジュリアンはウェルズ判事の娘だと告げる。ウェルズ判事はボイトの警察学校時代の同期で、一緒に捜査したこともあった。
ep10 Rabbit Hole 第10話「偽りの身」
ボイトに呼び出されたルゼックは、靴箱の2万ドルがウッズの罠であり、ボイトを裏切っていないと訴える。だがルゼックは既に信用を失っていた。ジェイは警官であることを隠して誘拐事件の犯人ルイースの姉カミラと交際を続けていた。ある晩、カミラと一緒にいる時に路地で撃たれた女性に遭遇し、とっさにカミラを対象とした麻薬の潜入捜査中だとボイトに嘘をついてしまう。カミラの話から特捜班が女性の身元をたどると、意外な事実が明らかに……。
ep11 Confidential 第11話「情報屋」
バージェスの初めての情報屋シエナが、友人イザベルの彼氏が前の彼女を殺して工場の裏に埋めたと言っていたと話す。バージェスは情報を信用しなかったが、情報通り撲殺された女性の遺体が見つかる。犯人はイザベルの元彼でDと呼ばれる男らしい。そのイザベルもシエナと連絡が取れなくなっており、バージェスとアプトンはイザベルがDと出会う前に身を寄せていたシェルターに聞き込みに行く。そこで彼女がある美容クリニックに通っていたことが判明する。
ep12 Captive 第12話「最期の言葉」
プラットの誕生日を祝うために、みんながモリーズで盛り上がっていたが、後で合流すると言ったアトウォーターが姿を見せない。翌朝家を訪ねると帰宅した形跡はなく、携帯の番号から突き止めた家にはアトウォーターの血痕とバッジが残されていた。車庫からは500gのコカインが見つかり、家主ジョー・ベイカーがヤクの売人だった過去から、何らかの理由で薬物がらみの事件に巻き込まれて拉致された可能性が濃厚に。特捜班は本格的に捜査を始める。
ep13 Chasing Monsters 第13話「みかじめ料」
質屋を営むマルコは、みかじめ料を強要されたが断ったことを友人でもあるアントニオに話すが、直後にナタでめったぎりにされ殺される。その残虐な手口からみかじめ料の件で恨みを買ったエルサルバドルのギャングの犯行だと判明。エルサルバドル国家文民警察からシカゴ警察殺人課に研修に来ていた刑事マルセラ・ゴメスが特捜班に協力することになり、捜査は大きく進展する。共に捜査に当たったマルセラとアントニオは親密になるが……。
ep14 Anthem 第14話「国家と抗議」
市内の大学の学生による反警察デモに、白人至上主義者ディクソン率いる一団が割って入り乱闘になる。デモを率いていたのはウッズの娘ブリアナ。怪我を負うが、現場で警戒中だった特捜班に救助される。その頃、校内の駐車場でデモに参加していたクリスの射殺体が発見される。クリスとブリアナの恋人ジャマールは同じ大学のバスケットボール選手で、警察の黒人に対する暴力に抗議するために2人が試合前の国歌斉唱時にとった行動がデモの発端だった。
ep15 Sisterhood 第15話「仲間入り」
スリー・コーナー・ギングスがギャングになる儀式をするという情報が入る。新入りと思われる若者2人が乗った車を追う特捜班。そこにはレイプされ、惨殺された10代の少女の遺体があった。仲間になるための儀式がレイプ殺人だったことがわかり、エリア・セントラル署殺人課のハート刑事も加わり本格的な捜査が始まる。バージェスは現場にあったブレスレットなどから被害者の身元を割り出すが、他にも被害者がいたことが判明する。
ep16 Profiles 第16話「炎上」
プラットは地元テレビ局の番組に出演するが、番組が始まってすぐにスタジオ内で爆発が。共に出演していたベティは即死し、軽症で済んだプラットは瀕死のキャスターのシェリを保護して救助に来たセブライドと共に外へ出る。シェリは搬送中、今朝自分宛に小包が届き、配達人は40代でひげのある白人男性だと伝えて息を引き取る。シェリは何者かに脅されていたことが判明し、特捜班は防犯カメラの映像から犯人らしい男の写真を公開するが……。
「シカゴ・ファイア」シーズン6 第13話：復讐の行方とのクロスオーバー・エピソード（後半）
ep17 Breaking Point 第17話「弱点」
市会議員のバートンが頭を撃たれ殺された。土地の再開発を推し進めている議員には敵も多いが、所持品が盗まれていたことから強盗の線も浮上。ボイト率いる特捜班は、議員の遺体に付着していた髪の毛からダリウス・ブラウンを容疑者として取り調べる。だがブラウンは所持品は盗んだが、既に議員は死んでいたと主張。現場からは青いセダンが猛スピードで走り去ったと言う。さらに事件前に議員に脅迫めいた電話をかけていた男の存在が判明する。
ep18 Ghosts 第18話「二度目の潜入」
ラテン・プレイヤーズに潜入中のアントニオ。メキシコから送られてくる液体状の覚せい剤を受け取るため、プレイヤーズの一員プレスと取引場所へ行くが、覚せい剤を載せたトラックは何者かに銃撃され強奪される。銃撃現場のそばには、かつてアプトンがケリーという名で潜入したロン・ブース率いる覚せい剤流通組織の一員スコットが、撃たれて死にかけていた。強奪はブースの指示であると判明し、ブース逮捕のためにアプトンが再度潜入することになる。
ep19 Payback 第19話「接点」
ギャングの隠れ家を別のギャングが襲撃し、ヘロインを奪うという事件が立て続けに３件発生。いずれも手口は同じだが、最初の２件と違って今回は無関係の少年が流れ弾に当たって死亡した。この隠れ家は麻薬課が捜査対象にしていた家だったが、先に現場に駆けつけた特捜班が捜査を担当することになり、少年の母サラが目撃した2人組のヒスパニックの男を追う。ルゼックは自分の情報屋であり、元警官レイ・デンザに探りを入れるように指示する。
ep20 Saved 第20話「救いの手」
ボイトの息子ジャスティンの殺害犯であるビンガム殺しの件で、オリンスキーに危機が迫っていた。その頃、ボイトの不在中に少女ハナが21分署を訪れ、ボイトの名刺を置いていく。その裏にはコーヒー店の住所と「助けて」というメモが。店でハナと会ったボイトは事情を聞き出そうとするが、途中で姿を消したハナを2人組の男が四駆に押し込み、誘拐する場面を目撃する。ボイトとルゼックが四駆を追跡する中、信用組合での強盗事件に遭遇する。
ep21 Allegiance 第21話「忠義」
殺傷力の高い銃M4の取引現場を押さえるために、買う側の黒人グループと売る側の白人グループにそれぞれ潜入していたアトウォーターとジェイ。アトウォーターはジャバズとマリクを連れて白人グループが待つバーへ行くが、白人のネイトとマリクの間で騒動が起こり取引は中止に。実は白人グループは銃の手入れが遅れていて、時間稼ぎをしたらしい。アトウォーターは黒人グループが有利となる提案をして報復を思いとどまらせ、取引再開となるが……。
ep22 Homecoming 第22話「目撃」（最終話）
ボイトは収監されたオリンスキーを救うために、ウッズとオーシャンにビンガム殺害を自白させようとする。だがその直前に携帯に連絡が入り、急ぎ医療センターへ。オリンスキーが刑務所で何者かに刺されて運ばれたのだ。手術を受けるがオリンスキーは息を引き取る。メンバーたちは悲しみに暮れながらも、犯人逮捕を誓い捜査を開始。オリンスキーが刺される直前までそばにいたという看守ディーツに証言を聞く。だが防犯カメラの映像には別の事実が……。
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